Calderón mengarahkan kenaikan gaji Polis Persekutuan dan pihak bersenjata pada hari pertama beliau sebagai Presiden Mexico .Kerajaan Calderón juga mengarahkan serbuan besar-besaran terhadap kartel dadah apabila memegang jawatan pada bulan Disember 2006 ekoran keganasan di negerinya Michoacan.Akibatnya berlaku konflik berterusan di antara kerajaan persekutuan dan kartel dadah Mexico.

Pada 19 Januari 2007, Mexico menangkap pemimpin salah satu daripada tujuh kartel dadah utama, Pedro Diaz Parada yang beroperasi di selatan Mexico. Pada keesokan harinya, dalam usaha kontroversi, kerajaan mengumumkan ekstradisi ke Amerika Syarikat beberapa pemimpin geng dadah.

Kerajaan Mexico juga telah mengarahkan askar Mexico dan Polis Persekutuan ke bandar Tijuana dan Ciudad Juárez dan lain-lain bandar . Di Tijuana dan juga Ciudad Juárez, tentera mengarahkan supaya semua pegawai-pegawai polis tempatan menyerahkan senjata mereka kerana mereka mempunyai hubungan dengan kartel dadah. Negeri-negeri lain termasuklah Michoacán , Tamaulipas , Tabasco, dan Guerrero .

Dalam satu wawancara 2007 Januari dengan Financial Times , Calderón menjelaskan bahawa jenayah semakin menurun.Di Michoacán sahaja , kadar pembunuhan telah jatuh hampir 40 peratus berbanding dengan purata lebih daripada enam bulan lepas. Sokongan Rakyat meningkat.

Pada 9 April 2007, Sekretariat Pertahanan mengumumkan penawanan 1.102 peniaga dadah, rampasan kira-kira $ 500 juta peso , 556 kilogram marijuana , 1419 senjata gred, dua kapal terbang, 630 kereta, dan 15 kapal laut mengangkut dadah, dan pemusnahan 285 landasan haram, kem dadah 777, 52842 ladang ganja dan 33.019 ladang-ladang popi candu . Kerajaan berjaya menghentikan pengedaran 1428124 dos ganja, 17728000 dos kokain , 193922000 dos heroin , dan 6.996.000 pil toksik, menghentikan mabuk 647.771.000 orang.

Pada 16 Disember 2009, Tentera Laut Mexico membunuh Arturo Beltran-Leyva, sindiket dadah paling berkuasa.

Namun keganasan masih berterusan di sepanjang sempadan Amerika Syarikat seperti Ciudad Juarez, Tijuana, dan Matamoros.Ia akibat langsung daripada langkah-langkah ketenteraan Felipe Calderón. Walaupun kadar pembunuhan di Mexico dari 2000-2007 menunjukkan penurunan am, kadar pembunuhan masih tinggi .Lebih 15,000 orang telah meninggal dunia akibat serangan kumpulan dadah yang disyaki sejak ia dilancarkan pada akhir tahun 2006. Lebih daripada 5,000 orang telah dibunuh di Mexico pada tahun 2008.Tahun 2009 adalah tahun yang paling ganas dengan 9600 orang dibunuh dan kadar pembunuhan dijangka akan lebih tinggi pada tahun 2010 .